1939 yılında doğan Gökçen Kaynatan’ın müzikle tanışması ablasının piyano öğretmeni sayesinde oldu. Ablasının aldığı derslere katıldı ve klasik müzikten hoşlanmadığı için ağız armonikasıyla onlara eşlik etti. Genç yaşında kendini geliştirerek kontrbas, gitar ve akordiyonu çalmaya başladı. 1950’li yıllarda kendi kendine çalışmalar düzenledi. O yıllarda Hank Mervin stilinde amatör bir gitaristti.
1957 yılında, “Genç Denizciler” grubuyla profesyonel olarak müziğe başladı.
1958 yılında, Mehmet Taneri’nin de bulunduğu “Kara Kediler” grubunda yer aldı.
1959 yılında, kurulan “Erkin Koray Ve Ritimcileri” grubunda yer aldı ve kadro Erkin Koray, Korkut Koray, Gökçen Kaynatan, Nüceyim Fener ve Kadri Ünalan’dan oluşuyordu.
1961 yılında, Somer Soyata Topluluğu’nda yer aldı. Erkan Gürsel, Gürkan Birgütay, Yalçın Ateş ve Ayhan Karataş gibi isimlerinde bulunduğu gruba gitarist olarak dâhil olmuştu ancak Somer Soyata Topluluğu’nun son dönemine yetiştiği için grupta uzun süre çalışamadı.
1962 yılında, Türkiye'nin ilk ve en etkin gösteri orkestrası olan Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları grubunu kurdu. Elektronik tutkusunun yanında caz, rock’n roll ve twist üzerine de düştü.Bu dönem kadrosunu; solo gitarda Gökçen Kaynatan,basta Mesut Aytunca,gitarda Erol Bilem, bateride Erdoğan Aktuğ oluşturuyordu.
1963 yılında, Gökçen Kaynatan’ın orkestrası popüler rock'n'roll müziği ile kitlelere ulaşmayı başarmıştı. Grup halinde çalışma ve bir eğitici okul durumunda olan Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları, Sadık Bütünley (Apaşlar), Cem Karaca, Mesut Aytuaca (Silüetler’in kurucusu, solo gitaristi),Gökçen Kaynatan okulunun en ünlü öğrencileriydi.Bu dönemde kadrosunda Gökçen Kaynatan,Ertuğrul Özkan,Erol Bilem, Mesut Aytunca, Samim Bükülmez, Sadık Bütünley ve Bilge Su Duru yer alıyordu. İlk elektronik deneyimini bu dönemde verilen bir konserde gösteren Gökçen Kaynatan tamamen konserden kaydedilmiş bir plak yaptı. Plağın ilk yüzünde Sadık Bütünley’in vokal yaptığı Trini Lopez cover’ı “If I Had A Hammer”,arka yüzünde ise Shadows’tan bilinen “The Savage” adlı enstrumantel yer alıyordu. Eylül 1963 - Kasım 1963 tarihlerinde “Cem Karaca ve Bekledikleriniz” grubunda yer aldı, kısa süren bu beraberlik grubun dağılmasıyla son buldu.
1964 yılında, şüphesiz dönemin en sıra dışı grubu olan Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları tam anlamıyla bir gösteri grubuydu. Gençliğin içinde barındıran enerjiyi açığa çıkaran bu grup verilen konserlerle katılanları büyülüyordu.11 Eylül 1964’de verdikleri bir konserde salonun tüm sandalyeleri izleyenler tarafından coşku içinde kırılmıştı ve yapılan kontrat dolayısıyla grup tüm masrafları karşılamak zorunda kalmıştı. Gökçen Kaynatan, Osman Onur, Muzaffer Gür, Onur Tarhan, Fahir Oltulu, Türker Özdoğan ve Timur Aldoğan birlikteliğinde “Little B”, “A-me-ri-ca”,” Hippy Hippy Shake” parçalarına verilen konserlerde yer vermişlerdi.
1965 yılında Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları ‘nda önemli değişiklikler oldu. Mesut Aytunca ve Erol Bilem Silüetler’i kurmak için Gökçen Kaynatan’dan ayrıldılar. Gökçen Kaynatan bu dönemde, Kaynatan ve orkestrasının topladığı ilgi sonucu ve aykırılıklarından dolayı bazı kesimler tarafından olumsuz yönde eleştirilmesinden hiç rahatsız olmadığını, bir gereksinime karşılık verdiklerini belirtti. 1965 kadrosunda da Gökçen Kaynatan’a, Timur Aldoğan, Aslan Süllam, Fahir Oltulu, Onur Tarhan, Kıymet Karaköse ve Türker Özdoğan eşlik etti.1965’in yaz dönemi; 4 Temmuz’da Büyükada Mehtap Sineması ve 10 Temmuz’da Caddebostan Bulak Sineması’nda büyük ilgi gören iki konser verildi. Sonbahar’da Timur Aldoğan’ın gruptan ayrılmasından dolayı gruba Erdoğan Çaplı ve oğlu Kerim Çaplı katıldı. Kerim Çaplı, New York'un en tanınan gruplarında çalmıştı ve Jimi Hendrix'le aynı sahneyi paylaştı; davul, gitar, klavye de değimi yerindeyse bir dahiydi.
1966 yılında, Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları, beat müziği, sahne de yapılan ışık oyunları ve perdeye yansıtılan belgesel görüntüleriyle dönemin en iyi şov grubu özelliğini koruyordu.Bu dönem kadrosu Türker Özdoğan, Mehmet Şahinbaş, Onur Tarhan, Sabi, Aslan Süllam, Metin Tekmen, Osman Onur ve Gökçen Kaynatan’dan oluşuyordu.Konserlerinde “Boom Boom Boom, Don't Bring Me Down, Cadillac, Wild Thing, I Put A Smell On You” parçalarına yer veriyorlardı.Grubun ikinci plağı “Fırtına-Moda” yayınlandı.1966 yılının sonlarına doğru Hammond orgu ile Okan Dinçer katıldı.
1967 yılında, Gökçen Kaynatan ve Arkadaşları konserlerine devam etti.1967 yılında yapılacak olan Milliyet Liselerarası Müzik Yarışması’nın ses düzenini kurdu. Askerliği nedeniyle orkestrasını dağıtarak 60’lı yıllardaki müzik hayatını dondurdu.
Askerden döndüğü dönemde Almanya’ya giderek elektronik müzik ve musique concrete alanında eğitim gördü ve tek başına klavye ağırlıklı müzik yapmaya başladı.
Türkiye’ye döndüğünde beraberinde çok kapsamlı bir ekipman da getirmiş ve ilk elektronik müzik stüdyosunu kurmuştur. Yaptığı işi ”…elimdeki elektronik aletlerle, kanallar arası ritm senkopları çıkarabiliyorum, anlamsız elektronik diye adlandırılan türde iddaalı birçok yapıtlar çıkarttım ortaya. Kainattaki tüm sesleri çıkartabilirim.” şeklinde açıkladı. Ses elde etme için 1960’ların başında uygulanan makara teypli, filtreli ve osilatörlü çalışma yöntemini benimseyen Kaynatan 1970’lerdeki popüler moog synthesizer plaklarında kullanılan davul makinası ve konvansiyonel enstrumanları da kullanarak melez bir tür yakalamıştır. Kaynatan, çalışma yöntemini ise şu şekilde özetliyor: ”İlkin, melodinin senaryosunu çıkartırım,sonra parçayı elektronik frekans düzenine uygularım.Daha sonra sıra tüm parçada kullanılan melodilerin hazırlanmasına ve icrasına gelir.Gerekirse parçalardaki vokal ve söz kısımlarını da kendim hazırlarım.Bunların yanı sıra tonmaysterlik de bana düşer.İşte bunları yapmak için ya 4-5 kişi çalışmak ya da sihirbaz olmak gerekir.” 70'lerin başından itibaren synthesizer müziğine yönelip Türkiye'deki ilk elektronik müzik örneklerinden bazılarına imza attı, bunlardan bir kısmı popüler şarkıların synth düzenlemeleri iken, bir kısmı new age sınıfına sokulabilecek çalışmalardır ve 1972’de ilk tape-music’i yapmıştır ve yine bu dönemlerde EMS synthesizer kullanımını Barış Manço’ya öğretmiştir.
Gökçen Kaynatan 1973 yılının kasım ayında, Ali Kocatepe’nin yeni kurduğu 1 Numara Plak’tan iki plak yayınladı. AK 06 ve 07 seri numaraları ile yayınlanan bu iki plaktan “Pencerenin Perdesini - Beyoğlu’nda Gezersin” elektronik müziğin melodik ve popüler kulvarında yer alırken, “ Sihirbaz -Evren “ ise atonal tarafta yer alıyordu. Kaynatan’ın üçüncü plağındaki tarzda 1979 yılına kadar yaptığı diğer eserler ise “Cehennem, Lost Island, Doğanın Ötesi, Angio” idi ve Kocatepe gibi cesur bir prodüktör tarafından yayınlanmadığı için, bugüne kadar kendi arşivinde yayınlanacakları güne kadar saklanıyor.
1976 Aralık ayında Gökçen Kaynatan baba oldu. Zaynep Kamil Hastahanesi’nde doğan kızına “Zeynep” adını verdi.
Günümüzde halen müzikle ilgili panellere davet edilen kaynatan bunun yanında televizyon programlarında da müziği hakkındaki yorumlarını yapmaktadır. Yakın zamanda "Eclipse" adlı yapıtının Sezen Aksu tarafından izinsiz okunduğunu öne süren Yunan besteci Ioannis Karalis'in açtığı 1,5 trilyon liralık tazminat davasında ilk bilirkişi olarak yer almıştır. Kaynatan, "Sezen Aksu'nun, davacı Ioannis Karalis'in talebi halinde bir bestesini ücret almadan, özürleri ile birlikte armağan etmesi şahsi görüş ve temennimizdir" demiştir.